目的：分析中国医药制造业科研产出对运行效率的门限效应，为提高医药制造业运行效率提供依据。方法：选取31个省份中国医药制造业面板数据，对医药制造业科研产出和运行效率之间的非线性关系进行实证研究。结果：科研能力对运行效率的影响在行业规模上存在单门限效应，随着行业规模的扩大，科研能力对运行效率的促进作用由“高效促进”变成“促进减缓”；资本水平对医药制造业运行效率呈正向积极影响；人员结构和政府支持力度对运行效率呈负向影响。结论：科研能力是中国医药制造业发展的关键变量；政府资金未实现以补贴促进发展的初衷；现阶段人员结构是制约医药制造业全要素生产率提升的掣肘。